ご質問ありがとうございます。NU-DDCのSPDIF仕様と特長を踏まえて推奨の使い方は次のような接続になりそうです。
1.NU-DDCをPC+USBまたはネットワークで大本のトランスポートとして、これらをデジタル用電源に接続します
2.NU-DDCはUSB絶縁設計ではないのでPC+USBの場合、無対策PCの場合は特にGNDノイズがオーディオ側に伝達する可能性があります
3.NU-DDCのSPDIF出力から光ブースターに接続します。ここで電源はオーディオシステム用からとります。ブースターが2台ある場合は光で分離するとより有効です
4.これでオーディオシステム側にPCのGNDノイズを持ち込まず分離することができます
ポイントとしてはクロックの性能は大元のハードウェア（この場合NU-DDC。SPDIFの最初の発信源）が支配的になるという点です。DDCもDACもSPDIF接続なら支配力が伝達されていきます。なのでこの接続方法をとることでPCやデジタルのノイズを光ブースターでカットしながらNU-DDCのクロック性能を活かすことができます。
逆にNU-DDCにほかのDDC経由で光ブースターからSPDIFを入力してもSPDIFのクリーニングは完全には行えません。この接続だとどうしても上流の影響を受けてしまいます。NU-DDCよりも優秀なDDCがある場合を除いてこの接続は推奨できませんし、その場合はNU-DDCが不要になります。
以上の回答はあくまで低周波位相雑音とGNDノイズの観点なのでオーディオ的な音質調整とはまた傾向が違う場合があります。この点は参考程度となりますので、よろしくお願いいたします。