ralさま
ご質問の件分かる範囲でとなりますが回答します。
1.
5Vはあらゆる性能低下になりますので、真の性能重視なら電源側単体の性能だけでなく本体スペックを満たすように6V以上確保するほうが大事です。むしろ7V前後のほうがもっと良いと思います（対応の電源はほとんどありませんが）。
5V入力ではネットワーク基板の電圧が不足しますのでネットワークの動作は保証外、その他についても電圧余裕がないため音質的な劣化が発生する可能性が高いです。
NU-DDCは内部でスイッチング電源と接続することを前提にノイズ対策を行っていますので皆様が想像するより普通のACアダプタの悪影響はありません。一般オーディオ機器と比べて悪影響は遥かに受けにくい設計です。（もちろん影響が消えるわけではありませんが）
2.
ちなみにですがUSBリクロッカーの担当範囲はUSBの12MHzクロックを良くするものであってオーディオクロックとは関係ないと思われます。ですのでUSBリクロッカーはそのままで大丈夫です。
そのうえでオーディオクロックの出発点となる場所が音のためには最も重要です。TambaquiにUSBを接続すればTambaquiがオーディオクロックの出発点になりますし、NU-DDCに接続するならNU-DDCがオーディオクロックの出発点になります。
mola molaのオーディオクロックは高精度クロックではないので、NU-DDCを高精度クロックを使ったオーディオクロックの出発点として、TambaquiはI2SかSPDIF系で受信を行いDACの内蔵クロックはジッター除去を担当、というように役割を分離することが最も良い結果になると予想します。
先日makuaで実験したところではネットワークやUSBよりNU-DDC側をクロックマスターにするほうが結果は良かったです。I2Sでフォーマットが制限されるとのことですがNU-DDC側で自動レート制限とフォーマット変換を有効にすれば自動で非対応のフォーマットは対応のPCMレートに変換されますので再生側からは問題なくDSDやPCMのハイレート再生は可能です。
以上ご参考までによろしくお願いいたします。