ご質問ありがとうございます。
こちらでもDAC追加の改造を試みて入力切替の内部仕様を調べてみましたが、現状ソフトウェアから入力の切替系統を拡張する手段が実質存在せず、XLR系列の入力を拡張することが難しいです。
ただ基板上にはハード的にそれを可能とする手段は用意されています。あくまでソフトウェアの問題でしかありません。一応この点についてHypex社にも方法を質問したのですがHypex正式リリース以外での追加手段の提供はしないと明確に回答がありましたので今対応することは難しいです。
今後Hypex社から情報が公開されたり、追加での仕様が出てくれば対応できるようになる可能性もありますが今は上記のとおりです。